Впоследствии в своем сочинении «Исповедание веры» Максим в оправдание своих поправок приводил много примеров действительно грубых искажений в тексте славянских священных книг и, в частности, в евангелии: «Исповедую всей душой Богочеловека, воскресшего из мертвых, а не бесконечною смертью умерша
, как проповедуют его везде ваши толковые Евангелия». Но на соборе Максиму не имело смысла, да и возможности вступать в богословские прения. Исход устроенного над ним судилища был заранее предрешен.После осуждения на соборе 1525 г. Максима в оковах отправили в Волоколамский монастырь, где заключили в темницу. В разные монастыри сослали его учеников и сотрудников. Сохранилась инструкция, письмо самого митрополита Даниила, об условиях содержания Максима в Волоколамском монастыре:
«И ваключену ему быти в некоей келии молчятельне, и никако же исходящу быть весьма, да яко и тамо врежение, еже от него, ни на единаго же да не распрозстранится. И да не беседует ни с кем же, ни с церковными, ни с простыми, ни монастыря того, ниже иного монастыря мнихи, но ниже писанием глаголати или учити кого, или какого мудрования имети, или с неким послати послание, или от неких приимати, ниже собою, ниже инеми, ниже сообщатись, и дружбу имети с кем, или ходатайство свойственно показати, но точию в молчании сидети и каятися в своем безумии и еретичестве… и аще в болезни и при смерти есть, да причастится, аще ли оздравеет, да пребывает без причастия».
Максима лишили причастия, фактически отлучили от церкви. Ему запретили читать книги, за исключением нескольких, специально указанных Даниилом, не давали возможности писать. Его обрекали на полную изоляцию, одиночество и молчание.
Правда, после вторичного разбирательства на соборе 1531 г. условия заключения Максима Грека были несколько смягчены. Его перевели в другой монастырь — Тверской-Отрочь, но по-прежнему с лишением причастия и заключением в оковы. С течением времени тверской епископ Акакий облегчил его участь. Максиму Греку предоставили возможность иметь книги и писать. В эти годы своего заключения он создал немало сочинений.
Еще в 1551 г., уже после смерти ненавидевшего его Василия III и восшествия на престол Ивана IV, Максима Грека направили в Троицкую лавру, уже не в заключение, а «на покой». Он был допущен новым митрополитом Макарием к причастию, но, по существу, и в это время находился под своего рода домашним арестом. Много раз Максим обращался к духовным властям, даже к царю, с просьбой отпустить его на Афон. Не раз ходатайствовали об этом и восточные патриархи. Но все напрасно. Опальный богослов умер в 1556 г. в той же Троицкой лавре.
И все же в последние годы жизни в положении Максима Грека произошли существенные изменения. Он неустанно продолжал создавать одно сочинение за другим, опровергая попутно выдвинутые против него обвинения; слава и авторитет его растут, произведения его читает все более широкий круг читателей, высоко оценивает их митрополит Макарий, с которым Максим вступает в переписку, а царь Иван IV навещает его в келье Троицкой лавры. В адресованных царю посланиях константинопольского патриарха Дионисия и александрийского Иоакима содержится полное оправдание Максима от возведенного на него обвинения в ереси, а патриарх Иоаким в весьма резком тоне объявил осуждение Максима «дьявольским действом» и «кознями злых человеков».
В 1552 г. Максим Грек сделал новый перевод Псалтыри с греческого, причем на этот раз без всяких толкований. Он сделал это по просьбе своего ученика Нила Курлятева, смущенного темнотою перевода, принятого церковью, и обилием в нем непонятных для русского человека южнославянских слов и выражений. В предисловии к новой Псалтыри Нил писал, что к тому времени Максим Грек успел обучить его, Нила, греческому языку и письму, так что он был в состоянии сам переписать Псалтырь по-гречески, а Максим со своей стороны уже «познал наш язык довольно и известно и весьма разумно», настолько, что смог продиктовать ему, Нилу, перевод псалмов по-славянски. А он, Нил, записывал «так, как стоит в греческом, все по порядку, прямо и без украшения». По поводу этого перевода И. Е. Евсеев отмечает: «Труд Максима состоял в упрощении славянского текста Псалтыри и в его приближении к тогдашнему виду языка».
Максим Грек сделал шаг вперед в деле книжного исправления. И позднейшие исправители не могли не посчитаться с его трудами. По-видимому, совсем не случаен тот факт, что первые московские печатники, в том числе Иван Федоров, вначале печатали как раз те книги, которые правил Максим Грек (Псалтырь, Апостол и др.).