В Москве в эти десятилетия разгоралась борьба между двумя лагерями. Главный вдохновитель и идеолог одного из них уже известный нам Иосиф Волоцкий, сподвижник Геннадия Новгородского в жестоком преследовании и истреблении еретиков, настаивал на праве церкви и, в частности, монастырей, приобретать богатства, владеть землей и крепостными. Представители второго лагеря именовались «нестяжателями» в отличие от «иосифлян», которые получили название «стяжателей». Их взгляды отражал в своих выступлениях игумен Сорского скита за Волгой Нил Сорский, а после его смерти в 1508 г. — Вассиан Косой. Нестяжатели резко нападали на корыстолюбие церковной верхушки и объявили недопустимым для монастырей владение землей и крестьянами. Нестяжатели осуждали роскошную жизнь представителей высшего духовенства. Нил Сорский требовал, «чтобы у монастырей сел не было, жили бы черньцы по пу́стыням, а кормили бы ся рукоделием». Расходились иосифляне с нестяжателями и по вопросу об отношении к еретикам. Если Иосиф Волоцкий и его сторонники настаивали на самой жестокой расправе с еретиками, даже раскаявшимися, — призывали к казням и сожжению на костре, то Нил Сорский и «заволжские старцы» считали возможным более мягкое обращение с ними: «кающихся еретиков и свою ересь проклинающих церковь Божия приемлет простертыми дланьми». Естественно, что обе партии в подкрепление своих взглядов ссылались на Священное писание и творения «отцов церкви».
Максим Грек не преминул вмешаться в борьбу между этими двумя лагерями. Если в вопросе о преследовании еретиков он разделял взгляды иосифлян, требуя беспощадного искоренения ересей, то по вопросу о богатствах и земельных владениях монастырей решительно принял позицию нестяжателей, а Вассиаи Косой вскоре стал его ближайшим сподвижником и почитателем. Зато Максим восстановил против себя нового митрополита Даниила, возглавившего после смерти Иосифа Волоцкого партию иосифлян, и самого великого князя Василия, который также был на стороне этой партии.
В 1525 г. Василий III решил развестись со своей бездетной женой Соломонией, чтобы жениться вторым браком на Елене Глинской. Митрополит Даниил готов был дать князю официальное согласие на новый брак. Но когда Василий потребовал от Максима, чтобы тот написал каноническое мнение о возможности расторжения брака, тот решительно объявил князю, что правила святых отцов не разрешают развода по поводу бездетности жены. Брак Василия все же состоялся. После этого судьба Максима Грека была предрешена.
В том же году митрополит Даниил созывает церковный собор для суда над Максимом Греком; в 1531 г. на новом соборе организует повторный суд. На обоих соборах Максиму предъявили самые серьезные обвинения: в «волховстве» — попытке околдовать великого князя, в шпионаже в пользу турецкого султана, в клевете на московских чудотворцев и митрополитов, но главное — в презрительных отзывах о русских «святых книгах» и внесении в них изменений, которые были расценены собором как «еретические и богохульные». Председательствовал на суде сам митрополит, а допрос вел по его указанию епископ Досифей. Сохранились так называемые «Судные списки», составленные, очевидно, на основании протоколов допроса обвиняемых на этом суде. Вот несколько выдержек из «Судного списка»: «И владыка Досифей спросил Максима: подали на тебя запись протопоп Афонасей, да протодиакон Иван Чюшка, поп Василий, что ты зде нашей земли Руской святых книг никаких не похвалишь, но паче укаряешь, а сказываешь, что здесь на Руси книг никаких нет, ни Евангелия, ни Псалтыри, ни правил, ни уставов, ни отеческих, ни пророческих. А се протопопы перед тобою. И Максим с протопопы с очей на очи стал препиратися».
Митрополит Даниил охарактеризовал Максима на соборе как «неведомого и незнаема человека, новопришедшего ис Турские земли, и книги переводиша, и писания составляюща хулная еретическая, и во многия люди и народы сеюща и распространяющая… еллинская учения и макидонская и нетленномнительная, и прочая пагубныя ереси».
Максима обвиняли в том, что он приказывал переписчикам «иное зачернить, а иное загладить» (то есть зачеркнуть или стереть) в рукописях священных книг, и сам делал то же даже в евангелии, объясняя это тем, что «того в греческих книгах нет»: «И владыка Досифей спросил Максима: Книги наши з греческих же книг перевожены и писаны, и ты их чернил и гладил, а сказываешь, что книги наши зде на Руси не прямы, и где в наших книгах было написано бесстрастно божество
, и ты то загладил, а вместо того написал нестрашно божество…».