Была создана специальная «Комиссия, учрежденная для истребования объяснений от протоиерея Павского», в состав которой вошли два «первенствующих» члена синода, митрополиты Филарет киевский и Филарет московский под председательством обер-прокурора Протасова. Комиссия, пригласив 20 марта 1841 г. на свое заседание Павского, учинила ему строгий допрос. Он ли составил означенный перевод? Ему ли принадлежат введения и примечания к отдельным книгам и главам? Знал ли он о литографировании перевода?
Павский ответил утвердительно на вопросы, кроме последнего, заявив, что он не только не давал согласия на распространение своего перевода ветхозаветных книг, но даже не знал о его существовании в литографированном виде. Как выяснилось позже, протоиерей в этом ответе сильно покривил душой. Из показаний студентов академии и других замешанных лиц стало ясно, что Павский передавал студентам подлинники перевода для литографирования.
Через месяц Павский был допрошен вторично. Ему предложили дать письменные ответы на ряд вопросов, уже непосредственно касающихся догматического характера перевода.
Вот некоторые из них: «Слово пророка Исайи в VII гл.: „Се дева в чреве примет и проч.“, — признаете ли вы пророчеством о рождении Иисуса Христа от девы Марии — в истинном и буквальном смысле, и если признаете, то для чего не написали сего в признанном вами заглавии той главы? Пророчество Даниила о 70 седьминах признаете ли вы истинно и буквально относящимся ко времени Иисуса Христа и, если признаете, то почему не объяснили сего в примечании, а написали совсем другое?» и т. д.
Отметим, что в предисловиях Павского к 7-й главе книги Исайи и 9-й главе книги Даниила автор в согласии со многими западными комментаторами как раз полностью отрицал, что в этих главах содержатся пророчественные предвещания о Иисусе Христе, сыне божьем. И в своих первых ответах комиссии Павский не отступился от своего взгляда. На вопрос о «пророчестве» Исайи он отвечал: «Пророк Исайя… ожидает очень скорого избавления посредством Искупителя… И там сказано, что страдания народа окончатся скоро, когда имеющая родить родит сына»; «скоро», — следовательно, пророчество не могло иметь в виду родившегося спустя шесть веков Иисуса Христа. Относительно соответствующего места из книги Даниила Павский в том же духе написал: «Стихи 26 и 27 IX гл. книги Даниила изображают жестокости сирийского царя Антиоха Епифана, а не искупительные страдания Спасителя». Павский сопроводил свои ответы пространными учеными рассуждениями со множеством цитат из Священного писания. Но члены комиссии сразу же дали ему понять, что вовсе не собираются вступать с протоиереем в богословские прения.
Допрос Павского был возобновлен, но уже в ином, несравненно более суровом и устрашающем тоне. На этот раз Павскому прямо предъявили обвинения в наличии в его переводе «важных неправильностей против православного разумения некоторых пророчеств». Вместе с тем комиссия постановила: «Считать показания и объяснения протоиерея Павского касательно православия, перевода, введений и примечаний недостаточными и неудовлетворительными».
Император Николай I, внимательно следивший за делом Павского, выразил свое «недовольство» ходом разбирательства, после чего последовало «Высочайшее повеление» о том, чтобы «протоиерею Павскому сделаны были увещания о чистосердечном открытии истины».
«Увещевательную беседу» со строптивым протоиреем немедленно провел сам митрополит московский Филарет. И против такого давления Павский уже не мог устоять.
Спустя несколько дней он представил комиссии новые ответы на предъявленные ему вопросы, которые, по существу, были полным отречением от первых. «При первых ответах моих, — признавался теперь Павский, — я написал собственноручно, что пророк Исайя ожидает предсказанные события очень скоро… По достаточном размышлении и соображении я нахожу теперь слова мои необдуманными и неуместными…, потому что они предполагают в пророке слишком малое знание будущего». «Необдуманными» Павский признал и свои ответы на другие вопросы. В извинение себе он сослался на свою растерянность вследствие «нечаянности вопросов» и на то, что, делая перевод, заботился исключительно о филологической стороне его, но не о догматике, считая, что этим должны были заниматься преподаватели других богословских дисциплин. При всем том Павский смиренно признавался, что он «допустил в своем переводе ряд неправильностей», уверял, что «все священное писание признает богодухновенным и от православных догматов отступать и других отводить никогда не помышлял». Он униженно просил членов комиссии его «неосмотрительность прикрыть своим благоразумием и могущие произойти от перевода соблазны укрощать пастырским наставлением».