Один из недовольных, епископ Феофан (Говоров), в статье, помещенной в журнале «Душеполезное чтение», сетовал: «В проповедях, в простой беседе и даже в рассуждениях приводить в подтверждение своих мыслей места по русскому переводу, несогласованные со славянским текстом, есть дело не только неуместное, но и грешное. И какая стать? Слышу ли, читаю какое-нибудь место, как свидетельство Священного писания, ищу его в своей Библии (моя Библия есть Библия церковная, говорю от лица всякого православного) и нахожу, что там совсем не то говорится — и руками розь! Не грешно вам, ученые, бить мою совесть? Вам, которых церковь воспитала на созидание чад своих, а не на разорение!» И Феофан решительно настаивает на том, что «Библия в новом переводе может быть почитаема книгой для чтения, многоназидательною и многополезною, но не как Библия, облеченная догматическим авторитетом». В другой статье Феофан выразился еще резче, утверждая, что «русская церковь питает своих чад сором и мякиною».
Однако Святейший синод не счел нужным принять во внимание эти жалобы. Отражая его позицию, профессор Московской духовной академии П. И. Горский-Платонов в ответе Феофану писал: «Недавно изданным русским переводом… вносится свет во многое, что для многих было темным. Он представляет слово Божие подлиннейшее, но, конечно, понимая это слово в положительной, а не в превосходной степени».
Таким образом, в сущности, за русским переводом, так же как и за славянским, были признаны достоинства «подлинного» текста и догматической авторитетности, и русская православная церковь, как это ни парадоксально, оказалась обладательницей не одной, а целых двух библий, значительно расходящихся между собой, но в то же время представляющих собой, каждая в отдельности, «подлиннейшее слово божие».
Конечно, не смена императоров и не смерть Шишкова и митрополита Серафима были главными причинами, побудившими синод изменить свое отношение к переводу библии на русский язык, а осторожного Филарета московского, «попа-иезуита», как охарактеризовал его В. И. Ленин, взять на себя инициативу в принятии синодом «определения» об этом переводе и издании его.
При подготовке реформы 1861 г. русская православная церковь неизменно поддерживала наиболее реакционную часть помещиков-крепостников, занимавших резко отрицательную позицию по вопросу об освобождении крестьян. Отражая эти взгляды, епископ Игнатий (Брянчанинов) прямо заявил, что «рабство, как и крепостная зависимость помещиков, вполне законно и как богоучрежденное должно быть всегда, хотя и в разных формах». Совершенно в том же духе выступали митрополит Филарет московский и ряд других высокопоставленных иерархов русской церкви, предрекая самые опасные последствия, к которым может привести освобождение крепостных крестьян. А впоследствии В. И. Ленин, говоря о сильнейших волнениях крепостного крестьянства в десятилетия перед реформой 1861 года, отметил: «Крестьяне не боялись зверских преследований правительства, не боялись экзекуций и пуль, не верили попам, которые из кожи лезли, доказывая, что крепостничество одобрено священным писанием и узаконено богом (прямо так и говорил тогда митрополит Филарет!)»
Но в эти же десятилетия развернулась резкая критика социально-политической действительности России революционными демократами. Белинский и Герцен, Добролюбов, Чернышевский и петрашевцы, обличая реакционную идеологию крепостничества, нанесли серьезные удары также по православной церкви, по православной религии, по религиозному мировоззрению в целом, видя в православии одну из главных идейных опор российской реакции. Известно, что наиболее решительно настроенная часть петрашевцев понимала, что необходимо адресовать свою пропаганду не только к передовой интеллигенции, но и непосредственно к народным массам, и в приговорах петрашевцам на одно из первых мест выдвинуты были обвинения в распространении атеистических идей.
Со своей стороны идеологи российской реакции должны были, очевидно, принимать все меры к тому, чтобы по возможности оградить народ от проникновения «зловредных» идей, достаточно ясно представляя себе опасность их для крепостного строя, самодержавия и церкви. Главный способ достижения этой цели и правительство, и церковь видели в возможно более длительном сохранении народных масс в состоянии невежества и социальной апатии под религиозным дурманом. И не случайно еще при Александре I, в октябре 1816 г., было проведено одно из самых реакционных мероприятий его царствования — учреждение единого Министерства духовных дел и народного просвещения, что, по существу, означало подчинение народного образования религиозной идеологии под контролем церкви. Не случайно также, что создание нового министерства совпало по времени с активизацией деятельности Российского библейского общества и массовым изданием библии.