На любые доводы эмпириков рационалисты возражали, что те могут действовать только методом проб и ошибок и что их подход, помимо того что основан на случайности, не позволяет им иметь дело со сложными или беспрецедентными случаями и не оставляет места для новых открытий. Рационалисты утверждали, что нередко появляются новые виды болезней, в отношении которых не имеется никакого предшествующего опыта, и поэтому, чтобы выбрать подходящее средство лечения, необходимо сначала выяснить их происхождение. По мнению рационалистов, на самом деле наблюдаемые причины, о которых говорили эмпирики, не приносят особой пользы, когда болезнь или боль локализуется внутри организма пациента. Например, в зависимости от того, считалось ли пищеварение процессом измельчения проглоченной пищи (поскольку мышцы желудка активируются пневмой) или ее «варения» (поскольку та же пневма нагревает тело), приходилось выбирать разные лекарства, поскольку в животе пациента возникали различные болевые симптомы.
Эмпирики, в свою очередь, отвечали, что повторение и накопление наблюдений приводит к созданию совокупности хорошо структурированных клинических знаний и что возможность применения одного и того же лечения к наблюдаемым симптомам, сходным с теми, что наблюдались ранее, позволяет добиваться исцеления новых пациентов. Позднее эмпирики также предложили форму вероятностного рассуждения, способную выявлять корреляции между наблюдаемыми явлениями и явлениями, которые не наблюдаются
Эмпирическая медицина продолжала развиваться и приумножать свои знания до тех пор, пока с течением времени запоминание прошлых наблюдений не начало преобладать над развитием навыков непосредственного наблюдения. В то же время в медицине все больше укреплялся метод вероятностного рассуждения о причинах болезней и расширялась дискуссия с рационалистами о существовании невидимых причин болезней: с одной стороны, эмпирики частично соглашались с возможностью построения логических выводов, необязательно связанных с фактическим опытом, с другой – зашли так далеко, что убежденно утверждали, что такие причины в принципе не могут быть познаны.
В I в. до н. э. возникла третья медицинская школа, чьи последователи обвиняли коллег из обоих лагерей в том, что те погрязли в спорах о причинах болезней, будь то эмпирических или теоретических, и не занимались выработкой реальных