Первый модернизированный в соответствии с требованиями UOE-41/94 самолет («ХХ748») выполнил первый полет 11 января 1995 г. К нему в конце апреля присоединились еще два – «XZ381» и «ХХ962». В мае того же года «Ягуары» «XZ381» и «ХХ962» были переброшены в Италию для участия в операциях над Балканами. С 30 августа 1995 г. эти самолеты подсвечивали цели для вооруженных бомбами с лазерным наведением СВВП «Харриер» GR.Mk. 7. В ходе операции «Вулкан» с «Хариеров» было сброшено 48 КАБ «Пэйвуэй II», 41 из них попала точно в цель, четыре – в радиусе 6 м (20 футов) от целей, три бомбы в цель не попали. Во всех случаях использования КАБ с лазерным наведением подсветку целей осуществляли «Ягуары» «XZ381» и «ХХ962». Результаты ударов лазерными бомбами пар «Ягуар» – «Хариер» на Балканах оказались выше, чем показали американские самолеты F-111 и F-117 в ходе первой «Бури в Пустыне».
Доработанные под систему TIALD «Ягуары» неофициально обозначались как GR. Mk.lB и Т.Мк.2В, но официально обозначение не менялось – GR. Mk.lA и Т.Мк.2А. Всего система T1ALD была установлена на 11 самолетах, включая предназначенный для испытаний борт «ХХ748». Успешное использование этих самолетов привело к появлению программы модернизации «Ягуар-96». Дело даже не в бомбах с лазерным наведением: шина данных Mil Std 1553 коренным образом меняла архитектуру бортовой электроники, делая ее «открытой». В результате в ассортимент вооружения становилось возможным интегрировать едва ли не любое управляемое оружие класса воздух-поверхность и воздух-воздух, включая новейшие противорадиолокационные ракеты BAe ALARM.
Программа «Ягуар-96», начатая в феврале 1995 г. предусматривала доработку всего парка самолетов'данного типа, состоявших па вооружении RAF, по стандарту GR. Mk.lB с дополнением в виде аппаратуры засекреченной радиосвязи «Хэв Куик». Все самолеты приводились к единому стандарту в части монтажа бортовой электросети, однако программное обеспечение, позволявшее использовать контейнеры с разведывательной аппаратурой и аппаратуру TIALD ставилось не на все модернизируемые самолеты. Фактически TIALD могли использовать только самолеты, уже прошедшие модернизацию в «неофициальный» вариант GR. Mk.lB. Первый полет доработанный «Ягуар-96» самолет выполнил январе 1996 г., это была машина «ХХ738», проходившая доработку в GR. Mk.lB, но ее сделали демонстратором «Ягуара-96». Первый «официальный» «Ягуар-96» («ЧЧ399») поднялся в небо в сентябре 1996 г. 28 мая 1999 г. модернизированным по программе «Ягуар-96» самолетом было официально присвоено обозначение GR.Mk.3 (T.Mk.4).
Первые семь «Ягуаров-96» поступили в Колтисхэлл в апреле 1997 г., но еще в конце марта пять таких же самолетов прибыло в Джиойя-дель-Колле, откуда они начали летать на Балканы.