В соответствии с планами, утвержденными в 1891 году, огромная стройка была изначально разделена на четыре участка. Два первых (от Челябинска до реки Обь и от Оби до западного берега Байкала) прокладывались практически синхронно с третьим (от Владивостока до Хабаровска на Амуре) и четвертым (от восточного берега Байкала до Шилки, притока Амура). Четыре первых участка открыли для движения поездов летом 1900 года, в самый разгар Всемирной Парижской выставки. Пари, заключенное царем, было выиграно: самая длинная в мире железная дорога построена всего за десять лет. Правда, чтобы достичь Тихого океана из Петербурга или Москвы, еще требовалось сделать несколько пересадок: в ожидании завершения линии, огибающей Байкал, пассажиры садились на один из двух паромов, специально задуманных, чтобы пересекать озеро. Оказавшись на восточном берегу, поезд вновь отправлялся в путь, преодолевая расстояние в 1 100 км и достигая места впадения реки Шилки в Амур. Там следовало пересесть на пароходы, ходившие по Амуру до Хабаровска, где пассажиры делали последнюю пересадку на поезд, довозивший их до Владивостока.
Графики работ соблюдались, чего нельзя сказать о бюджете. По первоначальным подсчетам Министерства путей сообщения, стоимость прокладки железной дороги до Тихого океана составляла примерно 300 млн рублей; в 1892 году Комитет Сибирской железной дороги утвердил бюджет в 357 млн рублей. Для того времени это была внушительная сумма, однако уже на начальном этапе ее оказалось совершенно недостаточно. Несмотря на всю умеренность и подчас анекдотичные меры экономии, расходы резко взлетели, что было обусловлено такими факторами, как трудный рельеф и суровый климат, необходимость полной перестройки некоторых участков, громадные затраты на переправу через Байкал и организацию пароходного сообщения по Амуру, а также благоустройство территорий, прилегающих к магистрали. В правительстве предпочитали не распространяться об общей сумме, потраченной на прокладку великой Транссибирской дороги. Однако в 1904 году, еще до завершения строительства последующих веток через Маньчжурию и вдоль Амура, управляющий делами КСЖД А. Куломзин обнародовал первые цифры. В начале ХХ века Транссиб уже обошелся государству в 940 млн рублей. Чтобы осознать колоссальность этой суммы, достаточно напомнить, что в то время годовой бюджет всей Российской империи составлял около двух млрд рублей. К моменту же окончания строительства общая стоимость проекта, по подсчетам Валентина Борзунова, крупного советского специалиста по истории транспорта, достигла 1 млрд 46 млн рублей.89
В переводе на современные деньги строительство Транссиба обошлось бы немногим более 15 млрд евро.Как с гордостью сообщалось в рекламном проспекте, поездка от Москвы до Владивостока занимала 10 дней, а от Парижа до Шанхая – всего 16. Императорские железные дороги особо подчеркивали, что это было вполовину меньше времени, затрачиваемого на то же направление при пользовании пароходом.