Патриаршество в России стало идейной опорой царской власти, но оно же создало предпосылки и для притязания патриарха Никона на 1-ю по сравнению с царём роль в решении церковных и государственных вопросов. Однако эти притязания привели к низложению Никона по настоянию царя Алексея Михайловича. В России патриаршество продержалось не многим более 100 лет и прекратилось со смертью патриарха Адриана в 1700 г., поскольку царь Петр I решил всецело подчинить церковь своей власти. С 1721 по 1917 гг. продолжался синодальный период в истории РПЦ, когда ею управлял «святейший правительствующий синод» с обер-прокурором (мирянином) во главе. Восстановлена патриаршая форма правления в РПЦ в ноябре 1917 г.
Для координации и непосредственного осуществления миссионерства во всех его проявлениях создано церковное учреждение –
Началом существования Американской православной церкви считается учреждение на Аляске в 1793 г. синодом РПЦ Духовной миссии для Америки, а затем Кадьякского викариатства Иркутской епархии, которое в 1840 г. было преобразовано в Камчатскую, Курильскую и Алеутскую епархию во главе с епископом Иннокентием. В 1867 г. Аляска была продана США, но храмы и земельные участки епархии остались собственностью РПЦ. В 1872 г. в связи с ростом числа православных приходов в западных штатах кафедра епархии из Новоархангельска была перенесена в Сан-Франциско, а в 1905 г. – в Нью-Йорк. После Октябрьской революции 1917 г. связь РПЦ с Северно-Американской епархией была прервана и восстановлена только в кон. 1960-х гг. В 1970 г. Американская православная церковь была объявлена автокефальной. К кон. 20 в. ею управлял митрополит, резиденция которого находилась в Нью-Йорке. Американская православная церковь в пределах США имеет 8 епархий, объединяющих свыше 350 приходов, 5 монастырей, скит, 3 семинарии; официальный печатный орган – газета «Православная церковь».
В 1847 г. была учреждена русская православная миссия в Иерусалиме в связи с возросшим количеством паломников из России в Иерусалим, а также с целью укрепления связей между Русской и Иерусалимской церквами. В 19 в. – нач. 20 в. в Палестине Русской православной церковью для миссии были приобретены земельные участки, на которых построены храмы, странноприимные дома, богадельни и др. учреждения для обслуживания паломников. В 1914 г. в связи со вступлением Турции в войну против России миссия покинула Иерусалим. После 1948 г. Русская духовная миссия в Иерусалиме вновь учреждена Московским патриархатом. Миссия существует и на нач. 21 в., она представляет РПЦ при Иерусалимском патриархате, опекает храмы Московской патриархии на территории Израиля, а также Горненский женский монастырь РПЦ, расположенный в окрестностях Иерусалима. Несколько православных миссий было создано по распоряжению синода РПЦ в кон. 19 в. в Корее, Урмии (Иран), Японии. Последняя существовала и в нач. 21 в., укрепляя связи между РПЦ и Японской православной церковью. Некоторые руководители зарубежных православных миссий РПЦ совмещали церковную деятельность с научно-исследовательской: много сделал для изучения Востока епископ Порфирий (Успенский), известным китаеведом стал начальник православной миссии в Пекине архимандрит Иакинф (Бичурин).