Все проектные и восстановительные работы по воссозданию средневекового облика архитектурного ансамбля велись и контролировались силами ЦНРМ и МНРПМ под руководством архитекторов А. Алтухова, Б. Альтшуллера и Л. Давида. Наиболее трудными объектами для восстановления в ходе работ оказались белокаменный Спасский собор, Северо-Западная башня монастыря с прилегающими к ней пряслами стен и Святые ворота с надвратным храмом Рождества Богородицы XVII века. По словам П.Д. Барановского, высказывавшего свое мнение по вопросу о восстановлении этого памятника, к невосполнимым утратам следовало отнести верхнюю часть названного храма, т. к. не было возможности документально обосновать проект. В ходе восстановительных работ одновременно и по необходимости велись и археологические изыскания, делались шурфы в целях обнаружения первоначальной кладки Святых ворот, линии стен и башен монастыря.
Проект восстановления средневековых стен и башен ансамбля, разработанный П.Д. Барановским еще в начале 1950-х годов был выполнен лишь частично. Из пяти планируемых, было восстановлено только три башни. Значительно уменьшили и длину стен, восстановленных, правда, не по всей их длине в облике XVII века. Всему виной был лимит финансирования. Но для вящей достоверности были заново построены: Юго-Западная башня XVII века, утраченная до подвалов, дворик перед Святыми воротами, фланкирующие башенки перед ними. Основная часть восточного, южного и юго-западного прясла стены была выполнена в стиле XIX века[81]
.Все эти работы были закончены к исходу 1960 года. Однако восстановленные Святые ворота, башни и стены, отреставрированные настоятельские палаты перешли не в ведение музея, а в ведение ЦНРМ, где и пребывали до 1988 года.
Реставрационно-восстановительные работы по белокаменному Спасскому собору велись наиболее активно до осени 1959 года. Работы эти курировались архитектором Л. Давидом и известным отечественным специалистом по истории архитектуры Н.Н. Ворониным. В ходе этих работ были сняты поздние приделы, выявлены и выложены белокаменные порталы, стены и верха собора с «килевидными» закомарами[82]
, кирпичный барабан, облицованный белокаменными блоками. В конце 1959 года по предложению Н.Н. Воронина проем северного портала был заложен «в целях сохранения целостности экспозиционной площади собора». Одновременно был разрешен вопрос о приспособлении подвала храма под служебные нужды музея. Это было связано с минимальным проведением каких-либо земляных работ, которые разрешалось вести только под контролем археологов. С 1960 года собор вновь стал использоваться в музейных целях.24 ноября 1958 года, по распоряжению исполкома Моссовета, одноэтажная постройка бывшей покойницкой площадью 90 кв. м была передана во временное пользование музею и переоборудована для хранения библиотеки, экспонатов и размещения дирекции.
К исходу 1959 года с территории заповедника были выселены почти все жильцы. А 25 января 1960 года в ведение музея было передано строение № 5 – корпус братских келий. Это здание постройки в стиле «барокко» начала XVIII века требовало значительных затрат и работ по укреплению стен, перестилке деревянных полов, ремонту междуэтажного перекрытия, чердака, обновлению железной кровли. Ремонтно-реставрационные работы на этом памятнике проводились по плану и под руководством архитектора ЦНРМ Сенатова Г.Ф.
В 1960 году на территории заповедника были снесены бывшие газоубежище и «часовня» (храм св. Евграфа-мученика) второй половины XIX века площадью 25,5 кв. м. Храм находился юго-восточнее Спасского собора и был разобран до фундаментов. Это стало серьёзной утратой для ансамбля бывшего монастыря, так как бывший храм св. Евграфа имел оригинальное конструкционное решение.
Бывшие мастерские и гараж, находившиеся в южном секторе территории заповедника, были также наполовину разобраны. Оставшаяся часть строения гаража была передана музею, отремонтирована и переоборудована силами Архитектурной строительной площадки под экспозиционный зал музея. Так музей приобрел экспозиционное помещение площадью 316 кв. м[83]
.В 1962 году руководством музея во главе с директором Виленой Ивановной Качановой была начата работа по передаче МиАР здания бывшего духовного училища, переданного музею в середине 1960-х годов. А к исходу 1967 года был отреставрирован корпус братских келий, где началось развертывание экспозиции.
Итак, можно утверждать, что к концу 1960-х годов определились основные фондовые и экспозиционные территории МиАР, т. е. музей получил возможность планировать и строить свою основную работу.