После получения приказа из Петербурга о передаче власти военному командованию, погром, как мы указали выше, был ликвидирован в течение короткого времени. При этом были произведены аресты громил на месте преступления. Последние были поражены тем, что раньше им разрешали грабить и избивать евреев и чуть ли не поощряли к этому, а теперь их бьют и арестовывают. Кроме того, уже после ликвидации погрома было арестовано много лиц, на которых указывали как на участников погрома и у которых было найдено награбленное у евреев добро. Всех арестованных было несколько сот человек. Значительная часть их обвинялась в краже и присвоении чужой собственности. Они судились группами по 15–20 человек у мирового судьи. Суд был весьма снисходительный. Многие были оправданы, так как утверждали, что найденные у них вещи они подобрали на улице с намерением возвратить их собственникам или для представления полиции. Другие приговаривались к заключению в тюрьму на срок от 1 до 3 месяцев. Обвиняемые же в более тяжких преступлениях – грабеже, причинении ран и убийстве были преданы суду Одесской судебной палаты с участием сословных представителей. Предварительное следствие было поручено судебному следователю по важнейшим делам Фрейнату, тому самому, который позже, во время мировой войны, был уличён в измене и который избёг казни лишь потому, что изменил своим товарищам по измене, выдав их с головой. Фрейнат пытался вести следствие крайне тенденциозно, но допрошенные свидетели в большинстве случаев не соглашались подписывать показания в том виде, как он их формулировал, и сами их записывали. Обвинительный акт был составлен вполне объективно прокурором Горемыкиным, человеком корректным, беспристрастным и чуждым антисемитизма. Ещё до начала суда заволновалась юдофобская пресса во главе с «Новым Временем». Эта газета пустила слух, что адвокаты – гражданские истцы «были куплены Комитетом по оказанию помощи пострадавшим от погрома за счёт поступивших к нему пожертвований». Эго была гнусная клевета, как это видно из приведённого ниже денежного отчета Комитета, в котором подробно указаны все статьи расхода. Отчёт этот был проверен и утверждён губернатором князем Урусовым. Да, кроме того, чтобы «купить» корифеев русской адвокатуры, приехавших в большом числе из столицы и других городов и проведших в Кишинёве долгое время, понадобилось бы затратить сотни тысяч. В действительности адвокаты – истцы добровольно, по собственной инициативе и совершенно бескорыстно принесли эту жертву, движимые чувством негодования по поводу происшедшего, а также и желанием выявить на суде истинных виновников погрома, находившихся далеко от залы заседаний. Посыпались нападки на прокурора Горемыкина. «Новое Время» его обвиняло в юдофильстве и пристрастии к евреям, указывая на то, что среди обвиняемых не фигурирует ни один еврей, тогда как, по утверждению этой газеты, во время погрома были убиты многие христиане. На самом деле в земскую больницу во время погрома были доставлены лишь двое христиан: один цыган, умерший скоро, как показало вскрытие, от обострившегося старого хронического воспаления почек, и труп мальчика Остапова, умершего от колотой раны, нанесенной штыком солдата во время усмирения. Горемыкин должен был оправдываться перед министром юстиции тем, что ни к нему, ни к его товарищам не поступило ни одной жалобы христианина, который пострадал бы лично или имущественно во время погрома. На Горемыкина стали коситься даже его коллеги и другие представители власти за исключением князя Урусова, который сохранял к прокурору самые дружеские отношения. В конце концов, положение Горемыкина стало настолько тяжелым, что он должен был перевестись товарищем прокурора тифлисской судебной палаты, что было для него, в сущности, понижением по службе.