Забота, которой он был окружён, и, прежде всего, присутствие его сестры, привели к быстрому улучшению здоровья короля. Маргарита редко покидала его, используя всё своё остроумие и жизнерадостность, чтобы рассеять его уныние и пробудить новый интерес к занятиям, которые когда-то доставляли им взаимное удовольствие. Иногда, сидя на кушетке своего брата, принцесса с неподражаемым изяществом декламировала ему сонеты собственного сочинения или рассказывала какую-либо историю. Искусная в сочинении остроумных пьес и изобретении эмблем и девизов, она часто развлекала его таким образом.
Позднее герцог Сен-Симон, посол Франции при испанском дворе в царствование Филиппа V, описал в своих мемуарах комнату короля и упомянул про глубокую нишу в стене справа от входа, напротив окна. Двойная решётка из железа, прочно вмурованная в стену, защищала окно, находившееся под самым потолком, снаружи, а внутри узкая застеклённая створка едва пропускала свет — нужно было становиться на стол, чтобы увидеть что-нибудь. В комнате было достаточно места для небольшого количества стульев, сундуков, столов, помимо кровати. Высота от окна до подножия башни, которая стояла на берегу высохшего русла реки Мансанарес, составляла около ста футов, и в течение того периода, когда Франциск находился там под стражей, два батальона солдат день и ночь несли охрану внизу. Комната, в которой жил Франциск, была также увешана богатыми гобеленами с изображениями гербов Франции — корона, щит и лилия, окружённые ожерельем ордена Святого Михаила Архангела. Пространство между ними было разделено на ромбовидные отсеки, на каждом из которых поочередно были изображены девиз Франциска, его личный герб — саламандра и лилия, увенчанная королевской короной.
От Луизы Савойской скрывали, что её сын тяжело болен, хотя она, без сомнения, что-то подозревала. Тем временем в Париже распространялись всевозможные слухи. В час ночи 4 октября, который был праздником Святого Франциска, радостная весть об улучшении здоровья короля достигла двора, который переехал из Турнона в Лион. Тогда регентша впервые была проинформирована об опасности, которая угрожала её сыну, и, в избытке чувств, отправилась вознести хвалу Богу в часовню монастыря целестинок, где поселилась. В свой черёд, канцлер Дюпре поспешил заверить короля в письме:
— Мадам так хорошо управляет, что способна обеспечить все необычные расходы королевства, не прибегая к займам или другим экстраординарным методам сбора денег.
Своевременная выплата Луизой Савойской субсидий и безвозмездных выплат в значительной степени способствовала сохранению её политического влияния во всей Европе. Экономность Мадам давала ей средства для оплаты огромной армии шпионов, которых она содержала при всех главных иностранных дворах, кроме того, это позволяло ей назначать пенсии многим высокопоставленным лицам из окружения тех монархов, умилостивить которых было в интересах её сына.
Тем временем Франциск уверенно, хотя и медленно, выздоравливал. Однако мрачный вид Мадрида и строгий надзор, осуществляемый за его малейшим действием, угнетали впечатлительного короля. Неоднократные неудачи его послов в переговорах с неумолимым Карлом тоже вызывали у него беспокойство. Чтобы облегчить переговоры своей сестре, король чётко оговорил, что она должна вести их с императором наедине, без вмешательства кого-либо из его министров. Сам Франциск был уверен, что Маргарита сможет добиться от Карла большего, чем его послы, поэтому настойчиво убеждал её больше не откладывать поездку в Толедо.
Опасная болезнь короля вызвала у Карла сильную тревогу. Примерно через неделю после прибытия герцогини Алансонской он отправил вице-короля навестить Франциска и передать ему своё ободряющее послание. Сразу после приезда Ланнуа архиепископ Амбренский и президент Сельве попрощались с королём и вернулись в Толедо, чтобы подготовиться к приёму Маргариты в этом городе.
В это время герцог Бурбон прибыл в Испанию, чтобы понаблюдать за предстоящими переговорами, с которыми так тесно была связана его собственная судьба. Но Франциск больше не повторил своего предложения отдать руку принцессы Рене своему мятежному подданному, в то время как император держал свою собственную сестру под строжайшим наблюдением и не допускал ни малейшей близости между ней и коннетаблем. Нескрываемое отвращение Элеоноры Австрийской к браку с предателем стало ещё одним горьким унижением для Бурбона. Тем не менее, сестра императора всего лишь разделяла чувство всеобщего отвращения, с которым преступление коннетабля было воспринято испанцами. Даже благосклонность Карла V не могла обеспечить ему почтения со стороны кастильской знати, из-за чего герцогу с трудом удалось найти в Мадриде резиденцию, соответствующую его достоинству и званию. Император был вынужден обратиться с личной просьбой к маркизу Вилланскому о том, чтобы он позволил коннетаблю поселиться в его дворце.