Константинопольские патриархи бдительно отстаивали свое право посвящения русских первоиерархов. В первую очередь, по этой причине во весь период, становления Русской Церкви продолжавшийся около двух с половиною веков, было только два случая самостоятельного избрания митрополитов родом русских. Первый – во дни великого князя Ярослава, когда по его воле Собором русских епископов без ведома патриарха был избран и поставлен для России митрополит Иларион в 1051 году, родом русский. Второй случай, относится ко времени правления великого князя Изяслава, когда был избран и поставлен для России митрополитом другой россиянин по имени Климент Смолятич в 1147 году.
Изменчивый характер отношений Руси с Византией послужил тому, что у великих князей явилась мысль об избрании митрополитов из русских. После смерти митрополита Феопемпта греки 3 года не присылали нового первоиерарха. В это время только что окончилась война Ярослава с греками, в которой греки варварски ослепили 800 русских пленников. И вот в 1051 году «Бог князю вложи в сердце» поставить митрополита из русских и собором русских же епископов, – поставлен был Иларион, священник княжеского села Берестова. Новый святитель, впрочем, в том же году испросил себе благословение патриарха. Он был муж благочестивый, часто уединялся для молитвы в пещеру, которую выкопал в горе недалеко от своего села, и кроме того, был известен своим просвещением.
Несколько времени спустя, в конце XI века, видим еще митрополита из русских св. Ефрема (1089–1097), бывшего прежде придворным великого князя Изяслава, потом епископом Переяславским. Он был известен, как святой муж и чудотворец. Свое управление и переяславской епископией, и митрополией он ознаменовал строением многих храмов, больниц и страннопримниц. Впрочем, поставление на митрополию он получил не в России, а в Греции.
Важным событием церковной жизни явилось рукоположение при Изяславе Мстиславиче Климента Смолятича, которое стало вторым случаем в истории Русской Церкви, когда природный русский был избран ее предстоятелем без ведома патриарха. Хиротония Климента состоялась в 1147 году. Великий князь Изяслав Мстиславич вследствие неудовольствия на митрополита Михаила (1130–1147), который покинул свою паству во время княжеских смут, и ушел в Грецию, а также вследствие смут из-за патриаршего престола в самой Греции, собрал в Киеве собор для поставления митрополита из русских. Выбор пал на Климента Смолятича, схимника и затворника, человека книжного, философа, какого на Руси прежде не бывало. О личности его не было спора, но возник важный вопрос, можно ли поставлять митрополита в России одним епископам без патриарха. Мнения епископов разделились. Часть из них, образовавших греческую партию, не соглашались на его поставление, и решали этот вопрос в интересах греческого патриарха отрицательно. Напротив, несколько епископов из русских доказывали, что по церковным канонам собор епископов всегда может поставить себе митрополита. Спор не кончился ничем определенным. Вместе с тем, Климент был поставлен, но греческая партия не признала его митрополитом и была им за это преследуема.
У Климента Смолятича явилось множество недоброжелателей, как на Руси, так и в Константинополе. Положение его было не прочно, Климента не признавал соперник Изяслава, сильный князь Юрий Долгорукий. Сделавшись великим князем после смерти Изяслава (†1155), он изгнал Климента и выпросил у патриарха другого митрополита – Константина, который был рукоположен в Константинополе. Греческая партия торжествовала, новый митрополит запретил служение всем ставленникам Климента и даже проклял умершего князя Изяслава. Таким образом, к концу 1150-х годов в Русской Церкви было два предстоятеля, каждый из которых не признавал другого, имел своих сторонников и претендовал на титул митрополита всея Руси. С приездом нового митрополита Константина смута в Русской Церкви не улеглась, наоборот, разгорелась с новой силой. И в этом отличие ситуации середины XII века от событий, произошедших столетием ранее в связи с рукоположением митрополита Илариона. Тогда, насколько известно, замещение Илариона митрополитом Георгием не вызвало ни сколько-нибудь значительных протестов в Киевском государстве, ни образования партии сторонников первого этнического русского главы митрополичьей кафедры «всея Руси».
Церковная смута на Руси даже вышла за пределы непосредственной проблемы признания первоиерарха. Так, в 1156 году, наверняка используя церковный разлад в верхах митрополии, новгородцы впервые самостоятельно избирают преемника вместо умершего епископа Нифонта – Аркадия, который затем рукополагается митрополитом Константином. С тех пор самостоятельное избрание архиерея (рукоположение избранника оставалось за митрополитами) становится постоянной особенностью новгородской кафедры вплоть до эпохи правления Ивана III, покончившего с новгородской независимостью и в политических, и в церковных вопросах.