1 и 4 октября 345-я группа провела два налета на верфь Булангуки на северо-востоке Сулавеси. Вместе с верфью сгорели и все находившиеся там деревянные транспорты. В ходе второго налета В-25G-1 из 499-й эскадрильи лейтенанта Клиффорда Аллансона был поврежден огнем зенитной артиллерии и на обратном пути разбился, совершая вынужденную посадку в Биаке. 4 октября «стрейферы» охотились на японские самолеты, стоявшие на аэродроме Сидате. Через два дня целью 345-й группы стал аэродром Амахи, расположенный на небольшом островке к северу от Серама. Там удалось повредить на земле один истребитель. 7 и 11 октября 345-я группа участвовала в налетах на Сулавеси. «Стрейферы» бомбили склады и здания в Томпосо и Кунанданге, уничтожив некоторые из них.
16 октября 498-я эскадрилья первой из частей 345-й группы полностью перешла на B-25J. 500-я эскадрилья к тому времени успела получить четыре B-25J, а полностью перевооружение удалось закончить лишь в середине ноября. Новые самолеты проходили небольшую модификацию силами полевой мастерской. Носы самолетов усиливали дополнительными металлическими листами, чтобы защитить борта от действия пороховых газов. Новые самолеты получили новые элементы быстрой идентификации. В 498-й эскадрилье самолеты теперь отличались белыми оконцовками крыльев вместо применявшихся прежде знаков на хвостовом оперении. Вскоре на B-25J во всех эскадрильях на шайбах руля изобразили голову индейца. Это была эмблема 345-й группы.
23 октября 1944 года воздушная разведка обнаружила оживленное судоходство вдоль северного побережья Борнео. Поскольку остров лежал за пределами досягаемости баз на острове Биак, 17 В-25 из четырех эскадрилий сначала прибыли на остров Моротай возле Хальмахеры. На следующий день самолеты вылетели на задание. Под руководством 310-го бомбардировочного крыла 17 В-25D, G и J из 345-й группы совершили налет на порт Сандакан, столицу северного Борнео. Истребительное сопровождение обеспечивали две эскадрильи: одна Р-38 и одна Р-47. Три «стрейфера» вернулись из-за технических неисправностей, а остальные 14 В-25 под командованием подполковника Колторпа вышли к цели спустя четыре часа после взлета. «Catalina», кружившая в районе цели всю ночь, доложила о плотном зенитном огне над портом. Было решено действовать над целью быстро, чтобы свести контакт с противником к минимуму. Другими словами, предполагалось сделать всего по одному боевому заходу. Колторп повел бомбардировщики на порт. Попавшийся по курсу люгер подполковник пустил на дно одной бомбой. Потом он сбросил три бомбы на 989-тонный транспорт «Таймей-Мару», но все три легли мимо. Следом транспорт атаковала 499-я эскадрилья, ведомая лейтенантом Фоксом. По меньшей мере одна из четырех бомб, сброшенных лейтенантом Милтоном Дж. Опайем попала прямо в транспорт. Судно в последний раз видели полыхавшим как бочка с бензином, поэтому его посчитали потопленным наверняка. 499-я эскадрилья также потопила 500-тонный транспорт, а капитан Уэнделл Д. Деккер потопил 50-тонный люгер. Оперативный офицер 500-й эскадрильи лейтенант Дик атаковал большой транспорт, шедший в пяти километрах от порта Сандакан. Первая бомба прошла мимо, но вторая попала в борт на уровне ватерлинии. В образовавшуюся пробоину хлынула вода, и транспорт быстро пошел на дно. Но B-25J Дика получил повреждения над портом — из строя вышла гидравлика, но лейтенант не вышел из боя и продолжал вести второй эшелон. Его правофланговый ведомый лейтенант Дин Расмуссен сбросил две бомбы на другой малый транспорт и доложил прямое попадание и затопление судна. Многие пилоты сбрасывали бомбы на портовые строения. Зенитный огонь оказался на удивление слабым, поэтому Колторп сделал еще два боевых захода, обстреляв порт и город из пулеметов.
2 ноября самолеты всех четырех эскадрилий перебазировались в Моротай, чтобы на следующий день вылететь оттуда бомбить японские аэродромы Аликанте и Фабрика на острове Негрос в центральной части Филиппин. Все В-25 несли 45,4-кг бомбы «парадемо». 20 «стрейферов» поднялись в воздух в 7:30 утра 3 ноября в сопровождении шести Р-38 и взяли курс на Филиппины. В полдень самолеты образовали боевой строй. 501-я эскадрилья, ведомая лейтенантом Джекобсоном, обстреляла крупный аэродром. Японцы тут же поставили заградительный огонь, используя зенитную артиллерию среднего калибра. Атаковавшие западный край аэродрома «стрейферы» разбомбили стоявших там три истребителя. В-25 лейтенанта Уильяма Г. Леггета получил попадание в правый двигатель и разбился, совершая вынужденную посадку недалеко от берега. Весь экипаж самолета погиб.