Но нам следует вернуться к теоретическим спорам, начавшимся ещё при жизни Кондорсе и Мальтуса, на которые они оказали колоссальное влияние и без которых нельзя понять судьбы становления биологии как науки.
Взгляд Ж. Ламарка на изменения в органическом мире, в частности его концепция «трансформизма», выкристаллизовалась в течение последнего десятилетия XVIII и первых лет XIX веков. Это в значительной степени следует рассматривать как результат взаимодействия с социальной мыслью – способами мышления, способами концептуализации, моделями, метафорами и аналогиями – времени, предшествовавшего французской революции 1789 года, и самого революционного десятилетия (1789–1799), и даже прямого переноса их в область «естественной истории» и «биологии». Более того, участие Ламарка в новых институциональных структурах, созданных в революционный период, привело его к непосредственным контактам с преобладавшими в то время способами дискурса о социальных вещах.
Трансформизм Ламарка родился в условиях острых дебатов по поводу реформирования «естественной истории» в конце XVIII в. между последователями Жоржа-Луи Ле-клерка де Буффона (1707–1788), с одной стороны, и реформаторами его системы, с другой (маркиз де Кондорсе, Феликс Вик-д’Азир, Жорж Кювье и др.). Подобно тому, как Вольтер, Монтескье, д’Аламбер, Руссо и Кондорсе дают «генетическое» объяснение политическим и моральным преобразованиям, происходящим в человеческих обществах, или развитию человеческого разума, Ламарк берётся дать «генетическое» объяснение развития живых существ. Он рассматривал физический мир как постоянно меняющийся, где индивидуумы и виды изменялись по определённым правилам. Ламарк был предшественником мышления в терминах эволюционного процесса адаптации, хотя это и не было его главной идеей.
Вопросы, которые задавались в дискурсе об обществе до Революции, с её началом приобрели ещё большую актуальность, поскольку ответы сразу должны были быть воплощены в повседневную политическую и культурную практику: как должны были быть охарактеризованы различные группы людей в обществе – как естественные или искусственные, как реальные или произвольные? являются ли эти группы или их отдельные представители подверженными влиянию, формированию или влиянию их внешнего окружения – природного или социального? каково происхождение этих социальных групп – «во времени» или вне его? (как, например, в «естественном состоянии» Ж.-Ж. Руссо или в «таблице наций» Ш. Л. Де Монтескьё) если «во времени», то существует ли постоянный набор организационных форм или могут возникнуть новые формы? есть ли направленные или структурные закономерности в порядке появления социальных групп? каковы особенности такого порядка и как он меняется со временем? чем современные европейские общества с их сложными политическими и социальными структурами отличаются от колониальных и «примитивных» обществ? как должно быть устроено человеческое существо, чтобы быть индивидуумом? может ли физика или химия предоставить модели для объяснения всего вышесказанного или необходимо искать ответы в другом месте?
Сразу следует отметить, что в самом начале этого периода Ламарк был хорошо известным ботаником, который твёрдо придерживался взглядов о неизменности видов, которые рассматривал как наиболее реальные сущности в онтологическом плане. Он определял «жизнь» как состояние материи, наполненное жизненным элементом, выраженным в особом виде движения. Он не рассматривал изменения как направленные во времени и считал, что изменения в живом мире ограничены внутренними границами внутри вида или индивида. Одним из наиболее заметных изменений во взглядах Ламарка, начиная с 1803 года, явилось появление у него настойчивого требования, чтобы все натуралисты формулировали философию, и себя он стал называть натуралистом-философом, который «производит», а не просто «воспроизводит» знания о природе.
В 1806 году он впервые предложил своей аудитории следующий мысленный эксперимент, который повторял почти дословно во всех более поздних текстах: предположим, что вся природа представлена Вам для созерцания, как если бы это была коллекция, можно ли Вы тогда классифицировать природу таким образом, чтобы «действительно разрезать её на части?» Отсюда видно, что для Ламарка большинство компонентов ботанической иерархической классификации, за исключением видов, должны были рассматриваться не более чем как «факты, «случайности», «искусственные методы», или, в лучшем случае, полезные «конвенциональные правила».