Несколько позже под влиянием проповедей английского лорда Редстока среди петербургской знати стало распространяться учение евангельских христиан (редстокисты, пашковцы), родственное баптистскому. В 1876 они создали Общество поощрения духовно-нравственного чтения, наладившее выпуск евангелической литературы. Одновременно в Таврической губернии появились адвентисты. При всём несходстве между собой эти течения представляли новый тип религиозных организаций – сложившиеся буржуазно-протестантские церкви с профессионально отлаженной системой миссионерства. В 1-ю очередь они стали быстро обретать влияние среди последователей старого русского сектантства, в основном утратившего социальную почву после отмены крепостного права и в значительной мере остававшегося рыхлым образованием. В области вероисповедной для верующих это означало принятие чёткой, в деталях разработанной догматики, в сфере моральной – отказ от концепции «самоспасаемости» грешника в пользу доктрины предопределения, в культе – принятие строгой обрядности и организации церковного типа. В 1920-е гг. протестантские секты пополнились христианами веры евангельской (пятидесятниками), родственными с баптизмом, а после воссоединения в конце 1930 – начале 1940-х гг. Западной Украины, Белоруссии и Молдавии – свидетелями Иеговы. Все они образовали мощный конгломерат протестантских сект, постепенно ставших играть значительную роль на российской почве. По весьма приблизительным данным, в 1914 г. в России насчитывалось около 1 млн. сектантов, среди которых протестанты составляли не более ¼. К концу 1980-х гг. картина радикально изменилась. Заметно убывали, а к 21 в. почти сошли на нет формы старого русского сектантства. В то же время оживилась деятельность протестантских деноминаций, к тому же пользующихся поддержкой своих заграничных центров. Этому немало способствовало их организационное укрепление. В 1944 – 1945 гг. баптисты и евангельские христиане объединились в союз евангельских христиан-баптистов (ЕХБ). В 1945 г. к ним присоединилась часть пятидесятников, а в 1963 г. так называемые братские меннониты. В начале 1960-х гг. от ЕХБ отделились так называемые «инициативники», которые стали действовать нелегально. В начале 1990-х гг. в России наблюдается возрождение и рост активности старых протестантских конфессий и появление большого количества новых. Среди них несколько лютеранских церквей (немецкая евангелическая лютеранская церковь; евангелическо-лютеранская церковь Ингрии на территории России – в ходе Северной войны Россия отвоевала у Швеции Ингермандию или Ингрию, в 1703 г. Петр I заложил здесь Санкт-Петербург). В 1711 г. организационно была оформлена единая евангелическо-лютеранская церковь России, которая в 1920-е гг. была разгромлена. Возрождение церкви произошло в 1991 г.; на 1 января 1993 г. в России было зарегистрировано 28 общин приверженцев этой церкви.
На 1 января 1993 г. в России зарегистрировано 22 общины и 2 управленческих центра Новоапостольской церкви в Москве и Санкт-Петербурге. В 1992 г. Минюстом России зарегистрирована Московская церковь Христа (протестантская организация), тесно сотрудничающая с Международной миссией «Голгофа» (США), откуда и в начале 21 в. получала финансовую поддержку и проповедников, осуществляющих массовые евангелизационные мероприятия (на стадионах, в киноконцертных залах и т.п.). На 1 января 1993 г. на территории бывшего СССР зарегистрировано свыше 300 общин приверженцев этой церкви со штаб-квартирой в Москве.
Активную миссионерскую деятельность в России с начала 1990-х гг. вели также различные протестантские корейские церкви; возникло около десятка российско-корейских церквей многонациональных по составу (пресвитерианские, методистские, евангелические, евангельско-баптистские) со штаб-квартирами в Москве.